bookdown - 撰寫和發表本身的網絡書籍/文檔

BOOKDOWN官網 - bookdown上有很多人發佈了本身的電子書

bookdown-demo （一個demo，github源碼）- Rstudio出品，Yihui Xie開發，著名單細胞課程在用，y叔也在用 【強力推薦】

 

bookdown的優點

• 徹底開源，向收費說不
• 徹底自定義，想幹啥就幹啥
• 有Rstudio背書，能夠大膽的長期使用
• 靜態網站，很容易部署到Internet
• 支持LaTeX，能夠直接導出tex文檔
• 導出排版好的PDF文檔和kindle文檔
• 使用十分方便，安裝後能夠專心使用RMarkdown寫做
• 寫完後直接排序組合，一鍵build成書

R Markdown的優點（值得系統學習）

• 代碼與文本共存，程序員的最愛
• 輕量級，再大的文件也有着極快的讀取速度
• 文末能夠列出參考文獻，科研狗的最愛

 

目前生信領域有兩個用bookdown寫得比較好的文檔：

Analysis of single cell RNA-seq data - Hemberg / github

Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees - ggtree 

 

快速開始（裏面有詳細教程）

• 徹底開源，直接fork到本身的github（參考），而後git pull，寫完直接push。
• 不想開源，那就下載bookdown-demo，能夠用Dropbox來進行跨平臺的編輯。

安裝bookdown的R包

install.packages("bookdown")　　

用RStudio打開bookdown-demo.Rproj

打開R Markdown文件：index.Rmd，點擊右側的Build，生成初始的網頁html文件，以及其餘文件（PDF、epub，tex等）

 

撰寫文檔的基本邏輯

編寫一個一個的Rmd文檔，注意裏面的標題要規範，最終書的標題就是從每個Rmd文檔中提取出來的。

修改 _bookdown.yml 文件，裏面的 rmd_files: ["index.Rmd", "intro.Rmd"] 就是書籍的章節順序，它會徹底按順序組合，一級標題就是一個章，二級標題就是章下面的一個小結，如此展開，Rmd的文件數量不限，最終只歸總標題。

_bookdown.yml 文件裏的 book_filename 是 PDF 文件的名字，index.Rmd 文件裏的title纔是真正的書名。

掌握了這些基本就能夠開始寫書了。

 

內容與形式完全分離了，內容在Rmd裏，之後無論bookdown這個包如何更新，均可以迅速完成網站的遷移。

 

使用細節

使用如下功能能讓你的book更加專業，甚至能讓你直接使用本工具來寫畢業論文。

去掉一些沒必要要的花哨功能

去掉右側的Facebook等連接，得改包。

優化搜索功能，搜索是確實爛，得改進包。

插入數學公式

插入代碼

文內跳轉

隨時跳轉到文檔的任意一處，在標題後面添加 {#label} 來標記一個地方，而後用 \@ref(intro) 來構建跳轉連接。

圖像和表格也能夠跳轉，只不過在其表頭要添加標記，跳轉格式同樣。

參考文獻

參考文獻稍微複雜些，須要在 book.bib 文件裏手動輸入參考文獻。

我看有人用 betterbib，能夠生成更爲標準的參考文獻。

注意：就算把文獻添加到bib文件了，若是文中沒有引用，那也仍是不會出如今文中的。

建議使用 zotero-better-bibtex 插件，瀏覽文獻官網，用插件導入文獻zotero，而後處處LaTeX的參考格式，加到bib文件裏便可。

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能夠接着謝益輝作的事：

搭建一個平臺，構建合適的接口，讓每一個人都能開發本身的book；

主題，主題要能知足每一個人的需求；

封面，自定義封面；

自定義功能；

優化搜索；

 

建立一個網站，可以自動讀取github的Rmd文件，來生成一個html和pdf的書籍。 

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RMarkdown的基本語法

基本的markdown語法

標題，一級二級三級等

有序無序列表

粗體斜體

專有引用

段落引用

分割線

插入連接

插入圖片

插入表格

插入視頻

插入代碼

RMarkdown進階語法

插入數學公式

插入跳轉連接

插入參考文獻

 

參考：

Markdown基本語法