rMATs軟件的介紹與使用

  rMATs是一款分析RNA可變剪切事件的軟件,其最大特色是考慮了replicate,還針對配對樣本(在醫學方面不少都是tumor和normal配對)創建了統計模型,如此以來,獲得的結果相對來講也更好。具體可參考文獻《rMATS: Robust and flexible detection of differential
alternative splicing from replicate RNA-Seq data
》,軟件的下載和使用參見http://rnaseq-mats.sourceforge.net/index.htmlhtml

  在分析的到最終結果時,雖然軟件官網有對結果的介紹,但看到結果開始一臉懵逼。ios

現結合本身的理解,記錄下,防止之後又忘了flex

fromGTF.XX.txt系列:spa

應該是直接從GTF文件和數據文件讀出的結果.net

SE:skipped exoncode

RI:retained intronorm

MXE:mutually exclusive exonshtm

A5SS:alternative 5' splice siteblog

A3SS:alternative 3' splice site事件

fromGTF.novelEvents.XX.txt:從數據文件發現的新的可變剪切事件

XX.MATS.JC.txt和XX.MATS.JCEC.txt是JC.raw.input.XX.txt和JCEC.raw.input.XX.txt通過統計模型分析後的結果,多了p值和FDR值

至於xx.txt文件頭文件的含義,在biostar上已經有人回答的很是清楚了

ID    GeneID    geneSymbol    chr    strand    riExonStart_0base    riExonEnd    upstreamES    upstreamEE    downstreamES    downstreamEE    ID    IJC_SAMPLE_1    SJC_SAMPLE_1  IJC_SAMPLE_2    SJC_SAMPLE_2    IncFormLen    SkipFormLen    PValue    FDR    IncLevel1    IncLevel2    IncLevelDifference
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