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R獲取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集
時間 2021-01-16
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clusterProfiler沒有顯性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler裏的函數。 核心函數就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到輸入的是GO數據庫,選定類別,基因名字類型,輸出的就是整個數據庫。 但是想調用這個函數沒那麼簡單,得導入一系列的基礎函數。 一個常見
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