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BLAST: Basic Local Alignment Search Tool 基於局部比對搜索工具 (基於北京大學的生物信息學課程總結) 序列比對一般使用動態規劃算法 (Simith-waterman 算法) 來實現, 對於兩兩比對(pairwise-alignment)而言,大O時間爲Cmn (c爲常量,表示單位操作時間, m, n分別爲序列長度)。 如果使用動態規劃算法比對數據庫中的每一條
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