R語言版本的bedtools--bedtoolsr

bedtools是一款很是強大的用於處理bed，vcf，gff等格式數據的工具，該軟件由猶他大學的Quinlan實驗室開發。可是目前bedtools主要提供的是在linux，unxi等操做系統環境下的「命令行」運行方式，然而，對於想要使用R語言進行bedtools命令操做的科研人員來講就顯得比較麻煩。今天，我就給你們介紹一款由北卡羅來納大學教堂山分校開發的R語言版本的bedtools--bedtoolsr。話很少說，直接上乾貨。

• 安裝bedtoolsr

install.packages("devtools")
 devtools::install_github("PhanstielLab/bedtoolsr") # 首次使用須要安裝

• 加載bedtoolsr

library(bedtoolsr)

• 生成測試數據

A.bed <- data.frame(chr = c("chr1", "chr1", "chr3"), start = c(10, 100, 50), end = c(40, 150, 110))
B.bed <- data.frame(chr = c("chr1", "chr5"), start = c(20, 60), end = c(35, 80))
print(A.bed)
#   chr start end
#1 chr1    10  40
#2 chr1   100 150
#3 chr3    50 110
print(B.bed)
#   chr start end
#1 chr1    20  35
#2 chr5    60  80

• 調用方法，這裏主要介紹兩種。bedtoolsr的函數跟bedtools的方法幾乎是一一對應的。甚至函數名，參數名幾乎都同樣。所以，能夠即使是新手，也能夠快速入手bedtoolsr。下面以intersect方法爲例，講解調用方法。

#調用方法一
bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed)
#output
#    V1 V2 V3
#1 chr1 20 35

#調用方法二
bedtoolsr::bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed)
#output
#    V1 V2 V3
#1 chr1 20 35

#intersect全部參數
#       a,
#       b,
#       wa = NULL,
#       wb = NULL,
#       loj = NULL,
#       wo = NULL,
#       wao = NULL,
#       u = NULL,
#       c = NULL,
#       C = NULL,
#       v = NULL,
#       ubam = NULL,
#       s = NULL,
#       S = NULL,
#       f = NULL,
#       F = NULL,
#       r = NULL,
#       e = NULL,
#       split = NULL,
#       g = NULL,
#       nonamecheck = NULL,
#       sorted = NULL,
#       names = NULL,
#       filenames = NULL,
#       sortout = NULL,
#       bed = NULL,
#       header = NULL,
#       nobuf = NULL,
#       iobuf = NULL,
#       output = NULL

• bedtoolsr中全部的函數

函數名	函數名	函數名
bt.annotate	bt.bamtobed	bt.bamtofastq
bt.bed12tobed6	bt.bedpetobam	bt.bedtobam
bt.closest	bt.cluster	bt.closest
bt.cluster	bt.complement	bt.coverage
bt.expand	bt.fisher	bt.flank
bt.genomecov	bt.getfasta	bt.groupby
bt.igv	bt.intersect	bt.jaccard
bt.links	bt.makewindows	bt.map
bt.maskfasta	bt.merge	bt.multicov
bt.multiinter	bt.nuc	bt.overlap
bt.pairtobed	bt.pairtopair	bt.random
bt.reldist	bt.sample	bt.shift
bt.shuffle	bt.slop	bt.sort
bt.spacing	bt.split	bt.subtract
bt.summary	bt.tag	bt.unionbedg
bt.window