前言
上一期，小編教你們使用殷賦雲計算平臺（http://cloud.yinfotek.com）重現了一篇2018年文獻《【文獻重現】D715-2441 抑制劑與PB2蛋白的結合模式研究》的分子對接計算結果。然而，要發表高質量SCI文章，還須要製做高質量的Figure。本期，我將帶你們使用PyMOL軟件（搭配Photoshop、MS Powerpoint）繪製D715-2441與PB2cap的結合模式圖。html
咱們先來看一張成品圖：
微信
研究背景
根據上期的分析結果，咱們得到如下相互做用：工具
一、化合物D715-2441的芳環夾在氨基酸殘基H357和F404之間並造成π-π堆積做用，還與F404造成疏水做用；字體
二、化合物苯環上的羥基與E361的羧基和K376的N+原子造成氫鍵做用，另外一個羥基與F404的O原子造成氫鍵做用；雲計算
三、化合物吡喃酮環酯基與K339的N+原子和H357的咪唑基造成鹽橋做用。插件
軟件工具
製做一張精美的結合模式圖須要用到三款軟件：PyMOL（及其插件center_of_mass.py）、Photoshop（PS）和MS PowerPoint（PPT）軟件。命令行
在微信公衆號（殷賦科技）首頁回覆「pymol」便可得到相關軟件、插件的下載連接，PyMOL安裝教程請瀏覽《PyMOL及其插件安裝教程》。htm
操做步驟
PyMOL做圖一般是對特定對象進行展現形式、顏色、字體等方面的修飾。PyMOL的精髓在於命令行與鼠標的配合使用，本文高度依賴命令行，請作好心理準備（若是真的很厭倦命令行，請使用殷賦雲計算平臺的做圖工具）。大多數命令格式較爲一致，請注意總結概括。對象
1. 前期準備工做
下載蛋白-配體複合物文件（rli-D715-2441-1.pdb）：登陸平臺 -> 進入任務詳情頁 -> 查看相互做用分析 -> 下載文件。blog
咱們先來看平臺上的結合模式圖：
平臺提供了至關清晰好看的圖，只要將鼠標放在圖上，右鍵下載便可。對於通常用戶，這樣的圖已經足夠發文章了。從此，咱們還將添加更多細節控件，讓你在平臺上點點鼠標便可輕鬆完成本篇文章的核心內容，製做一張高質量圖片。敬請期待！
2. PyMOL做圖
2.1. 設定工做目錄，打開文件
打開PyMOL軟件，導入剛纔下載的複合物PDB文件（rli-D715-2441-1.pdb）。
注意：有兩種方法導入文件，一種是鼠標點擊菜單欄File -> Open…，另外一種是經過命令行。在這裏，咱們採用命令來操做，由於這樣能夠同時把工做目錄設置好，方便後續保存文件。
假設咱們的工做目錄爲D:\demo。注意：路徑中不要有中文和空格，這是致使不少計算類軟件（尤爲是免費軟件）出現問題的緣由。
在PyMOL上界面或下界面的命令輸入框輸入如下命令（PyMOL>表示這是PyMOL的命令），每行輸入完畢後按【Enter】鍵：
2.2. 設置操做對象
結合模式圖一般涉及到受體（蛋白）與配體（小分子化合物）兩部分（有的還可能涉及水分子、金屬離子、輔酶；等等），需爲之分別設置對象，以便後續操做。設置配體對象：按照下圖順序，將配體設置爲lig對象。
設置關鍵殘基對象：關鍵殘基包括：A鏈的K33九、H35七、E36一、K376和F404。因爲該蛋白只有一條鏈，在使用命令選擇殘基時，能夠不用指定鏈名。按照下圖順序，將關鍵殘基設置爲res對象。
2.3. 顯示所需，隱藏多餘
在PyMOL中輸入如下命令：
而後，進行鼠標操做：
2.4. 繪製相互做用力
前面說過，命令行和鼠標的配合是很重要的。這裏再簡單講講鼠標的幾個操做用法：
A） 拖動鼠標左鍵：按住右鍵，任意方向拖動鼠標，使視圖轉動；
B） 上下拖動鼠標右鍵：按住右鍵，上下拖動鼠標，使視圖縮放；
C） 拖動鼠標中間滾輪：按住滾輪，任意方向拖動鼠標，使視圖移動；
D）滾動鼠標中間滾輪：拉進或拉遠鏡頭，使近處原子逐漸顯示或隱藏。
咱們參照平臺給出的結合模式圖（本文第二張圖），經過下面的鍵鼠操做來繪製相互做用力。
繪製π-π堆積與鹽橋做用
首先，確保鼠標模式（Mouse Mode）爲Viewing狀態，選擇（Selecting）模式爲Atoms狀態（位置在PyMOL右下方）。而後，按照下面步驟操做：而後，點擊PyMOL菜單欄的Wizard -> Measurement，而後根據示意圖點擊剛纔建立的小球，兩兩一組，便畫出虛線（相應地，生成對象measure01~05）。
繪製其餘做用力
採用相同的辦法，把氫鍵和疏水做用也畫出來。因爲這些做用力的兩端恰好落在原子上，所以，不用繪製小球。
2.5. 最後加工
爲方便調整，也爲圖片規格符合要求（一般，出版社要求全版圖片寬度≤2000像素，半版圖片寬度≤1000像素，分辨率≥300 dpi），咱們將PyMOL界面放大或靠邊最大化，並將上半部分的對話框往上拉到最小，讓視圖最大。而後放大、擺動視圖至合適的角度，使盡量清晰地看到各關鍵細節。
基本的建立工做已經完成，接下來進行細緻的修飾。
咱們還可按下圖步驟微調cartoon樣式：
還可移動label的位置（設置Mouse Mode爲Editing模式後，按住Ctrl鍵，用鼠標左鍵或右鍵拖動label；必要時，可先將cartoo隱藏起來，等調整好label後，再顯示出來），讓視圖更清晰。通過上述一系列操做，獲得下圖：
2.6. 生成圖片
上面的圖已經能夠發表文章了，但爲了更好看，還須要進行一步：光線追蹤（Ray tracing）。
繼續使用命令：
至此，咱們拿到3張圖片：focus.png、label.png和overview.png。下面講述如何使用PS處理這些圖片。
3. 使用PS添加字體
打開PS，將focus.png文件拖進界面。此時，圖片背景可能有一排排的灰色格子，這是由於PyMOL生成的png圖片背景是透明的。只須要將圖片設爲背景圖層（默認背景顏色是白色，若是不是，請自行更改），便可去除格子，獲得白色背景的圖片。操做以下：
而後，參照label.png文件，爲focus圖添加文字標籤。
按字母T鍵，而後左鍵點擊圖片任意地方，便可輸入文字內容，完成後按右側小鍵盤的Enter鍵（並不是平時使用的字母鍵盤Enter鍵，二者功能在PS中略有差別）或者乾脆點擊工具欄上的打勾標識（下圖右端）。在輸入內容以前，還要調整一下字體大小、樣式和顏色，好比設爲Times New Roman字體，Bold樣式和黑色。
並給文字添加白色描邊，以便在顏色接近的圖片區域中也能清楚辨認。
按住Ctrl+Alt，點擊並拖動標籤至其餘需添加標籤的位置，便可複製出一個新的標籤，而後修改文字內容便可。依次添完全部標籤，並放置合適的位置。對於氫鍵距離，咱們設置的字體大小爲18。
將當前狀態保存爲focus.psd文件（Ctrl+Shift+S）。最後，合併圖層（Ctrl+Shift+E），再保存爲圖片focus.tif文件。因爲PyMOL生成的圖片規格是2000像素 × 2000像素，300 dpi。咱們直接保存便可。若想更改規格，可按Ctrl+Alt+I鍵，根據提示修改相應的值。
至此，咱們便製做成可用於發表文章的高質量結合模式圖：
4. 使用PPT製做成品圖
爲製做一張展現結合口袋在蛋白總體位置、並將口袋內的相互做用細節放大的圖片，咱們使用PPT將focus.tif和overview.png拼合並加以修飾。
一、 打開PPT，將圖片拖進同一界面（注意先把預設的東西清理掉），擺至合適位置；
二、 點擊focus圖，設置圖片大小和邊框（見下圖）；
三、 添加正方形，覆蓋蛋白口袋，大小爲6 cm × 6 cm，不填充顏色，邊框顏色和樣式與focus圖一致；
四、 添加兩條相同顏色的虛線，鏈接focus圖和正方形。
按Ctrl+A，將所有圖片和圖形選上，再按Ctrl+G，即合併爲一個圖。右鍵單擊圖片，選擇「保存爲圖片」，保存爲combine.tif文件便可。打開圖片會發現，有一些區域的背景是透明的，可用PS處理，按上面所述設置背景顏色。最後調整畫布和圖象大小，保存文件便可。
注意：從PPT保存出來的圖片的像素會發生變化（下降），儘管再用PS處理，仍難免質量損失。爲從PPT保存成高清圖片（300 dpi），須要一番設置。因爲操做複雜，在這裏不詳細展開。感興趣的朋友能夠參考這裏的操做：
http://www.360doc.com/content/18/0621/17/7669533_764184334.shtml
最後，讓咱們好好欣賞這件精美的做品吧。祝你們作優質圖片，發高分文章！
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