【轉】GATK使用方法詳解（包含bwa使用）

一、使用GATK前須知事項： （1）對GATK的測試主要使用的是人類全基因組和外顯子組的測序數據，而且全部是基於illumina數據格式，目前還沒有提供其他格式文件（如Ion Torrent）或者實驗設計（RNA-Seq）的分析方法。 （2）GATK是一個應用於前沿科學研究的軟件，不斷在更新和修正，因此，在使用GATK進行變異檢測時，最好是下載最新的版本，目前的版本是2.8.1（2014-02-2

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