[轉]Mac 科研經常使用軟件

轉自：http://bbs.feng.com/read-htm-tid-7698336.html

個人 Mac 是 2012 年的 Pro Retina，如今主要用的是 Mac 系統，Windows 已經不常上了
常常用的軟件有如下幾個：

1. 科學繪圖軟件：SciDAVis 和 Plot

目前這兩個軟件更新頻率很快，SciDAVis 已經到 1D8 版了，就是 Mac 上的 Origin；Plot 更新到了 2.0R12 版，使用命令更復雜，但可實現的效果也更多，如今也支持 Mavericks 和 64 位，只是去掉了曲線擬合模塊，比較遺憾。有同窗可能會問，既然有 iGor Pro、QtiPlot 和其餘多種畫圖軟件，爲何還要用 SciDAVis。由於有的期刊可能要求你提供畫圖軟件的版本信息，一旦使用盜版可能會被拒稿；另外，一些商業畫圖軟件公司也會在軟件中設置後門，你若是用的是破解版，他們可能會找上門來，或者通知期刊社要求撤銷你的稿件。盜版在國內抓得不嚴，可是在國外很是嚴格。再者，SciDAVis 這個軟件開源免費，並且容易上手，功能強大，使用它何樂而不爲。
SciDAVis 下載地址：scidavis.1.D8.pkg
Plot MAC 下載地址：App Store 搜索 Plot 2
對 SciDAVis 的介紹：Mac 科研軟件漫談2：SciDAVis，科學畫圖軟件，Mac 上的 Origin

2. 文獻參考軟件：Sente

Sente 確實很好用，並且如今有免費版，每一個數據庫參考文獻不大於 100 個。Sente 能夠用 DOI，也能夠採用 Google Scholar 搜索等來導入文獻信息，對中文文獻導入支持也很好，也支持 Elsevier、Springer、Wiley 以及 Web of Science 的網頁在線導入，但 WOS 的內置搜索功能仍然不能使用。相比 Mendeley，Sente 支持自定義參考文獻格式。

更多的介紹請看這裏：Mac 科研軟件漫談1：Sente，文獻編輯和管理軟件

3. 文獻參考軟件：Zotero

再加一個文獻管理軟件，感受比 EndNote 和 Sente 更好用，就是 Zotero 的 Mac 桌面版。Zotero 的大名想必你們都不會陌生，介紹能夠見這裏：http://www.yangzhiping.com/tech/zotero1.html這是中文版，通過測試，Zotero 對元數據(Meta Data)的抓取比 Mendeley 要好一些，對網頁數據的支持也比 Mendeley 更多。內置 6000 多個期刊或者數據庫的參考文獻樣式，應該基本能夠知足你們的需求了Sente 下載地址：Sente 6 for Mac (zip file)Zotero 下載地址：https://www.zotero.org/download/有部分網友反應網址打不開，鏡像地址：http://pan.baidu.com/s/1B8HX0

4. 畫圖軟件：Keynote 和 AutoCAD

用 Keynote 來畫示意圖，要求精密度高的或者 3D 圖形就用 AutoCAD 來畫，很是方便。如今 AutoCAD 有 2014 版本，支持 Retina 顯示屏，且可以使用 3D 命令來畫三維圖形；AutoCAD 更新至 2015 版本
Keynote 下載地址：App Store
AutoCAD 下載地址：官網上有，學生和教育工做者能夠申請三年試用版。

5. 計算和編程軟件 Fortran

目前使用 FORTRAN MAC：http://bbs.feng.com/read-htm-tid-7820600.html. 總結了一些心得。

6. Matlab 的替代品：Octave

命令形式和 Matlab 基本徹底兼容，並且運算速度比 Matlab 快，下載地址：
http://sourceforge.net/projects/ ... 8.2-for-OSX-10.9.5/
對中文的支持比 Matlab 更好

7. Mathematica 的替代品：wxMaxima

要 Maxima 才能運行。wxMaxima 是 Maxima 的 GUI，能夠作符號運算的。感謝做者 andrejv 上傳支持 retina 的版本，下載地址：
https://dl.dropboxusercontent.com/u/3305126/wxMaxima.zip   版本號爲 14.09，替換
http://sourceforge.net/projects/ ... acOS/5.30.0-MacOSX/ 裏面的老版本


2014.02.20 更新：如今 SciDAVIS 已經更新了，最新版本爲 1.D5，初步測試，在 Mac 下解決了加載大量數據反映緩慢、打開文件窗口中文顯示傾斜的問題。下載地址：

http://sourceforge.net/projects/ ... s.1.D5.pkg/download

對於在 Windows 上常常用 Origin 的同窗來講，這個 SciDAVIS 實在是太熟悉了，由於它基本就是 Origin 的翻版。

解決在 Excel 中拷貝數據到 SciDAVIS 中，行列改變問題：用 Numbers 打開 Excel 文件，拷貝數據後再粘貼到 SciDAVIS 中。若是是 TXT 文件，則使用 LineBreak。下載地址：https://code.google.com/p/linebreak/. 下載後，把 Mac 下 TXT 文件的換行模式轉換爲 UNIX 或者 DOS 的換行模式，就能夠了。

2014.03.24 更新：Plot Mac 如今出了 2.0 版，下載地址：http://plot.micw.eu/. 國內彷佛訪問不了，要用 ***。新版 Plot 支持 Mavericks 和原生 64 位，運行速度更快，使用命令基本保持不變，惟一遺憾的是去掉了曲線擬合模塊。

2014.07.05 更新：在 SciDAVis 中如何設置具備出版物質量的圖像輸出——
1. 在 SciDAVis 中畫好圖像後，選擇 File 而後 Export Graph 選擇 SVG 格式；
2. 在 Safari 中打開 SVG 格式的圖片，而後在文件中選擇導出爲 PDF...，或者選擇打印...→PDF→存儲爲 PDF；
3. 這個時候導出的 PDF 再用預覽打開，裁剪邊框，大功告成！
採用這種方法是導出質量最佳的圖片，由於導出的是矢量圖形，因此放大多少倍仍然很是清晰，適合出版物用。

2014.07.28 更新：SciDAVis 更新至 1D8 版，下載地址：
scidavis.1.D8.pkg
目前圖片輸出的問題暫時沒有獲得解決，用我上面推薦的方法能夠獲得矢量圖片，具有出版物質量。和 SciDAVis 的開發者溝通後，他們贊成在近期解決這個問題。

2014.10.25 更新：AutoCAD 更新至 2015 版，在美國官網上能夠找到下載地址，學生和教育工做者能夠獲得三年免費試用；
更新 Matlab 的自由開源替代品：Octave，現已經更新到 3.8.2，具有了 GUI，運算速度比 Matlab 快，並且命令與 Matlab 徹底兼容；
更新 Mathematica 的自由開源替代品：wxMaxima，就是作符號運算的(Octave 也有一個符號運算的工具包：Octsympy，須要 Sympy 運行，相似於 Matlab 上的 Symbolic Toolbox，目前版本爲 Octsympy-0.1.1)。若是我早點找到這個軟件，大學學微積分的時候就能夠用這個來驗算結果是否正確了。



2015.02.15 更新：更新 SciDAVis 和 Sente 的視頻簡介，另外增長文獻管理軟件 Zotero 的介紹
2015.02.17 更新：若是以爲 Word Mac 裏面的圖片在 Retina 顯示屏上不清晰，請保存爲 Doc 而非 Docx 格式，這樣就很清楚了
2015.03.16 更新：更新 Zotero 的鏡像下載地址，http://pan.baidu.com/s/1B8HX0，另外 Octave 的符號運算箱可經過輸入命令：pkg install symbolic 獲得