富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

前言

通常咱們挑出一堆感興趣的基因想臨時看看它們的功能，須要作個富集分析。雖然公司買了最新版的數據庫，如KEGG，但在集羣跑下來嫌麻煩。這時網頁在線或者本地化工具派上用場了。

DAVID

DAVID地址 之前我會首選DAVID，緣由是方便簡單。有人說它數據庫更新慢，不許確（聽說被science點名批評了），也有人說它運行慢，數據庫更新慢是硬傷，但我只是大概看下基因集的功能，整體結果不會差到哪裏去。至於運行速度我反而以爲比其餘工具更快。 使用方法： 註釋結果有不少，挑本身感興趣的數據庫，我通常看GO和KEGG。 校訂下超幾何檢驗的Pvalue值，查看結果，結果都有連接，很方便查看。

可是DAVID沒有可視化結果，臨時看一看還行。

Metascape

Meatascape地址 Metascape是Cytoscape的一個插件，其數據更新快，覆蓋面普遍。整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個權威的數據庫，使其不只能完成通路富集和生物過程註釋，還能作基因相關的蛋白質網絡分析和涉及到的藥物分析。

默認分析Express Analysis

針對小白，直接生成一個簡單明瞭的報告，圖文並茂，結果包括富集總括、基因列表、基因註釋、富集分析、蛋白互做富集等。而且能夠下載excel表，ppt和zip壓縮文件。

網絡圖還可保存爲CYS格式，後續放到cytoscape中進行編輯。

定製分析CustomAnalysis Annotation能夠根據本身的須要，選擇感興趣的，想在結果中體現的基因註釋查看與基因註釋 相關的文章")項目來進行勾選。勾選完成以後，點擊左上角的Apply按鈕運行。

Membership支持用戶自行選擇通路富集、生物過程富集、功能相關和產物分析等每個註釋步驟所用到的數據集，並能夠在搜索框中輸入感興趣的字段，好比GO中的某一個或某幾個term，或者一些功能性的描述，以便進行更有針對性地分析。 輸入完成感興趣的字段以後，點擊左側的Search按鈕進行查找，以後點擊左上方Apply生成這一步驟的結果。

Enrichment支持用戶選擇通路和功能富集過程當中的各項指標，以及蛋白質互做網絡造成過程當中的各項指標。用戶能夠根據本身的需求，來設定顯著性閾值，網絡中包含元素的最大或最小值，以及分析步驟中想用到的數據集等參數。

生成報告

報告形式同上。

Enrichr

Enrichr地址 除了支持gene list，還支持bed文件，但支持的gene ID種類比較少。

Enrichr結果將多個數據庫進行比較。除了經常使用的富集分析，還可展現表觀修飾、轉錄因子結合以及疾病和不一樣細胞類型中的表達。

可是它展現結果比較單一，各個數據庫結果差別也較大，我的不是很喜歡。

ClueGO

ClueGO也是Cytoscape的插件，在cytoscape中本地化安裝使用，除了作功能富集外，主要是具備強大的繪圖功能，目前被不少文章引用。

以上工具中，DAVID和Metascape甚至clusterProfiler等R包的結果我都只做爲參考，真正作分析的時候仍是須要用最新的數據庫。固然，Metascape和ClueGO可做爲後期繪圖補充。