MacOS安裝rJava

rJava出了名的難裝，一大堆問題。

核心的問題：

1. java版本問題，最好用1.8版本的java

2. 編譯器的問題

3. 相關頭文件header的問題

 

以前幾回裝過，但都放棄了，此次花了一下午終於搞定了。

 

對於MacOS，首先就是要配置好Java的環境，brew裝java1.8

brew cask install java8 已經失效，沒法安裝。

參見這裏，能夠裝另外一個版本。

brew tap adoptopenjdk/openjdk
brew cask install adoptopenjdk8

 

而後須要管理java的環境

brew install jenv
echo 'export PATH="$HOME/.jenv/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile
echo 'eval "$(jenv init -)"' >> ~/.bash_profile

jenv add /Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-8.jdk/Contents/Home/
jenv global openjdk64-1.8.0.222

 

而後就是配置R的java環境，這一步必需要成功，不然後面沒法進行

R CMD javareconf

大坑：java不是1.8或者java版本太老不對，這一步都會報錯，總之就是用brew不斷去試不一樣版本的java，直到成功。

 

最後就是裝rJava了

CC="/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp" R --quiet -e 'install.packages("rJava", type="source", repos="http://cran.us.r-project.org")'

大坑：CC就是指定編譯器，由於R會莫名其妙的用最老的clang來編譯，那確定會報錯，其次後面的參數也必須添加。主要是這兩個坑，後面源碼安裝。

 

最後的最後，若是在rstudio或jupyter裏用rJava，還須要指定一下Java的位置，以便找到動態連接文件：

Sys.setenv(JAVA_HOME='/Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-8.jdk/Contents/Home') 

 

總結：java必定要裝對，最好配一個java多版本的管理軟件，其次須要先配置R的java環境，最後就是用合適的編譯器來源碼安裝。（作錯任意一步都會致使rJava安裝報錯）

 

這個原本就是個版本混亂、多語言互斥的問題：

Java牛逼，致使大部分其餘語言想調用它的功能；

Java永遠在不斷更新，其餘調用它的包的代碼也必須持續更新，因此良好的向下兼容是必須的；

 

關於編譯器和頭文件：

須要安裝最新版的xcode，而後創建header文件的軟連接

/usr/local/opt/llvm/include
/Applications/Xcode.app//Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include